化工儀器網(wǎng)手機(jī)版
移動端訪問更便捷
今日焦點 Today's Focus
查看更多+-
IG China 2025啟幕 測司儀表賦能氣體產(chǎn)業(yè)綠色轉(zhuǎn)型
測司儀表(上海)有限公司攜可視化泄露檢測儀ULD5[詳細(xì)]
最新產(chǎn)品 Latest productS
查看更多+
我國科研人員建立基于納米孔測序的環(huán)形RNA識別和重建新技術(shù)
2021年03月18日 13:08:52
來源：生命科學(xué)部 點擊量：8926
環(huán)形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的、具有特殊環(huán)狀結(jié)構(gòu)的RNA分子。近期多個研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)形RNA不僅發(fā)揮miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等生物學(xué)功能，而且通過結(jié)合蛋白分子，參與天然免疫等生理過程發(fā)揮重要功能。而確定環(huán)形RNA的全長序列，是進(jìn)行環(huán)形RNA功能研究的重要基礎(chǔ)。目前的研究方法對于環(huán)形RNA結(jié)構(gòu)的識別能力主要被二代測序的讀長所限制，對于長度較長(>500bp)的環(huán)形RNA分子
【化工儀器網(wǎng) 項目成果】在國家自然科學(xué)基金項目(批準(zhǔn)號：32025009、91940306、31722031)等資助下，中國科學(xué)院北京生命科學(xué)研究院趙方慶研究員團(tuán)隊開發(fā)了一種高效測定分析環(huán)形RNA的方法,相關(guān)成果以“利用納米孔測序和CIRI-long技術(shù)對環(huán)狀RNA進(jìn)行綜合分析(Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long)”為題，于2021年3月11日以長文形式在《自然 生物技術(shù)》(Nature Biotechnology)上在線發(fā)表。 
環(huán)形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的、具有特殊環(huán)狀結(jié)構(gòu)的RNA分子。近期多個研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)形RNA不僅發(fā)揮miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等生物學(xué)功能，而且通過結(jié)合蛋白分子，參與天然免疫等生理過程發(fā)揮重要功能。而確定環(huán)形RNA的全長序列，是進(jìn)行環(huán)形RNA功能研究的重要基礎(chǔ)。目前的研究方法對于環(huán)形RNA結(jié)構(gòu)的識別能力主要被二代測序的讀長所限制，對于長度較長(>500bp)的環(huán)形RNA分子，仍然缺少有效的全長重構(gòu)手段。
趙方慶團(tuán)隊首先測試了不同實驗條件對環(huán)形RNA的富集效果，進(jìn)而對環(huán)形RNA建庫流程進(jìn)行優(yōu)化，并通過使用poly(A) tailing提升RNase R對環(huán)形RNA的富集效率。后應(yīng)用納米孔測序技術(shù)，實現(xiàn)了對目標(biāo)環(huán)形RNA的全長序列進(jìn)行直接測定?；谏鲜鰧嶒灹鞒蹋w方慶團(tuán)隊進(jìn)一步開發(fā)了用于識別納米孔測序數(shù)據(jù)中環(huán)形RNA序列的CIRI-long算法。CIRI-long將一致性序列比對到參考基因組，對其中的反向剪接位點和內(nèi)部結(jié)構(gòu)進(jìn)行識別，并基于基因注釋和剪接信號信息，提供單一樣本內(nèi)和多樣本間結(jié)果的整合與校正方法(圖1)，從而實現(xiàn)環(huán)形RNA的準(zhǔn)確識別和全長重構(gòu)。
與傳統(tǒng)的二代測序方法相比，CIRI-long方法大幅提升了環(huán)形RNA全長重構(gòu)能力，并可實現(xiàn)與二代測序相近的分析成本。同時，CIRI-long提供了樣本間整合分析的工具，并針對納米孔測序的高錯誤率建立了有效校正方法，為環(huán)形RNA的功能研究提供了重要的方法學(xué)工具，具有很高的應(yīng)用價值。
圖1： 環(huán)形RNA全長重構(gòu)的實驗與計算流程
相關(guān)閱讀 Related Reading
查看更多+-
預(yù)算341萬 河北科技大學(xué)采購實驗室設(shè)備
近日，河北科技大學(xué)就“河北科技大學(xué)化工學(xué)院設(shè)備采購”項目發(fā)布公開招標(biāo)公告，預(yù)算金額為341萬元。2025-06-10 09:06:30 -
在線粒子監(jiān)控系統(tǒng)中標(biāo)結(jié)果公告
項目名稱：京東方第8.6代AMOLED生產(chǎn)線項目，項目編號：4197-244BOECDDT01/151，招標(biāo)范圍：在線粒子監(jiān)控系統(tǒng)...2025-06-09 15:14:17 -
預(yù)算624萬 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所采購儀器設(shè)備
近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所就“中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉所茶葉營養(yǎng)健康研究平臺儀器設(shè)備購置”項目發(fā)布公開招標(biāo)公告，預(yù)算金額為624萬元...2025-06-04 09:31:24 -
基于納米孔技術(shù)的生物標(biāo)志物檢測研究取得進(jìn)展
近日，中國科學(xué)院化學(xué)研究所吳海臣課題組開展了基于納米孔技術(shù)的生物標(biāo)志物檢測研究，取得了系列研究進(jìn)展。相關(guān)研究成果發(fā)表在《自然-納米...2025-05-30 10:07:54 -
廣角靜態(tài)/動態(tài)同步光散射系統(tǒng)中標(biāo)結(jié)果公告
項目名稱：華東理工大學(xué)廣角靜態(tài)/動態(tài)同步光散射系統(tǒng)，項目編號：0705-254004080026，招標(biāo)范圍：廣角靜態(tài)/動態(tài)同步光散...2025-05-20 13:39:29 -
超7200萬元 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)近期儀器采購意向
華中農(nóng)業(yè)大學(xué)計劃采購電泳儀、超高分辨多色快速成像系統(tǒng)、細(xì)胞破碎儀等儀器設(shè)備，預(yù)算總金額超7200萬元。2025-05-17 10:20:00
版權(quán)與免責(zé)聲明
- ①凡本網(wǎng)注明“來源：化工儀器網(wǎng)”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品，未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其他方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的，應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用，并注明“來源：化工儀器網(wǎng)”。違反上述聲明者，本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。
- ②本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源（非化工儀器網(wǎng)）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網(wǎng)贊同其觀點和對其真實性負(fù)責(zé)，不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任。其他媒體、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時，必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源，并自負(fù)版權(quán)等法律責(zé)任。
- ③如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題，請在作品發(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系，否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。
