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（1）酵母人工染色體克隆體系（YAC）

這種克隆體系是20世紀(jì)80年代末發(fā)展起來的，并于1990年底漸趨完善的大片段外源DNA克隆體系。插入YAC載體的外源DNA片段可達(dá)200  l 000kb甚至更多，并能穩(wěn)定復(fù)制?，F(xiàn)在YAC已成為構(gòu)建復(fù)雜基因組的有力手段。

 

（2）黏粒克隆，n噬菌體和細(xì)菌人工染色體

黏?？寺〉某霈F(xiàn)早于YAC，其主要特點(diǎn)是插入的外源片段比入噬菌體DNA大得多。因此在篩選基因文庫時可以減少一半工作量。P1噬菌體的溶源狀態(tài)奇特，不整合到宿主的染色體上，像質(zhì)粒一樣作為一個自主復(fù)制單位游離于宿主染色體以外?？梢杂糜诳寺?span lang="EN-US">75—110kb的外源DNA片段。電穿孔技術(shù)的發(fā)展為提高大質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化效率創(chuàng)造了條件，已經(jīng)可以構(gòu)建和轉(zhuǎn)化幾十到幾百kb的細(xì)菌人工染色體克隆（BAC）。

 

（3）構(gòu)建重疊度zui低的連續(xù)克隆系

構(gòu)建能覆蓋每條人類染色體而重疊度又zui小的連續(xù)克隆系，是進(jìn)行大規(guī)?；蚪MDNA測序的基本條件。由于這一做法很花時間，當(dāng)測序中心將大規(guī)模測序計劃上升至每年75Mb或更多時，連續(xù)克隆系的構(gòu)建速度可能跟不上測序產(chǎn)出的速度。1996年，有人提議對高覆蓋率的BAC文庫的克隆進(jìn)行末端測序，形成順序標(biāo)簽接頭（sequencetaggedconnector，STC），利用STC與克隆間的對應(yīng)關(guān)系，可以在計算機(jī)上快速地發(fā)現(xiàn)局部連續(xù)克隆系。