轉(zhuǎn)錄組是某個(gè)物種或者特定細(xì)胞類(lèi)型產(chǎn)生的所有RNA，可從整體水平研究基因功能以及基因結(jié)構(gòu)，揭示特定生物學(xué)過(guò)程以及疾病發(fā)生過(guò)程中的分子機(jī)理，廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本，精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)以及cSNP（編碼序列單核苷酸多態(tài)性），提供轉(zhuǎn)錄組信息。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種進(jìn)行檢測(cè)，提供更精確的數(shù)據(jù)，更高的檢測(cè)通量以及更廣泛的檢測(cè)范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

?  檢測(cè)應(yīng)用范圍廣：可用于任意已知基因組序列物種，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本；

?  分析可靠性高：可進(jìn)行全基因組mRNA分析,同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域；

?  單堿基分辨率：能夠檢測(cè)到細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。

實(shí)驗(yàn)策略：

全基因組RNA→RNA片段化處理→反轉(zhuǎn)錄合成cDNA→DNA測(cè)序接頭連接→PCR擴(kuò)增文庫(kù)→深度測(cè)序→Base Calling→RNA序列信息

分析內(nèi)容：

注：個(gè)性化分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析請(qǐng)聯(lián)系對(duì)接銷(xiāo)售或技術(shù)支持

送樣要求：

經(jīng)典案例

水稻根系響應(yīng)氧化石墨烯納米片的應(yīng)激反應(yīng)與恢復(fù)模式

Qixing Zhou, and Xiangang Hu Systemic stress and recovery patterns of rice roots inresponse to graphene oxidenanosheets Environmental Science & Technology(2017),20 (1).

1、背景

隨著社會(huì)的發(fā)展,納米材料在生產(chǎn)應(yīng)用中所占比重越來(lái)越大,特別是2D工程納米材料氧化石墨烯(GO),已經(jīng)廣泛應(yīng)用生物學(xué),醫(yī)學(xué),化學(xué)和環(huán)境等領(lǐng)域:工程納米材料GO的潛在風(fēng)險(xiǎn)引起了社會(huì)的關(guān)注,目前的研究中對(duì)于對(duì)納米粒子的生物應(yīng)激反應(yīng),而與壓力恢復(fù)相關(guān)的信息在很大程度上是未知的;轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究可以提供更深入、詳細(xì)的分析信息便于了解生物改變的機(jī)制。

2、方法

利用RNA-Seq測(cè)序技術(shù),分析水稻根系響應(yīng)氧化石墨烯納米片的應(yīng)激反應(yīng)與恢復(fù)模式。

3、結(jié)論

對(duì)比研究的結(jié)果顯示,GO影響水稻基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá),進(jìn)而影響了水稻的生長(zhǎng)發(fā)育,而水稻根通過(guò)多種代謝途徑以及酶活性調(diào)節(jié)對(duì)GO的影響做出應(yīng)對(duì)。

不同狀態(tài)下小鼠胚胎干細(xì)胞的甲基化修飾比較

參考文獻(xiàn)：

①     DOI:10.1021/acs.est.6b05591